Memulai Skripsi Bioinformatika Untuk Pemula

Di milis ID-PERL (id-perl[at]yahoogroups.com), ada yang bertanya soal bioinformatika dan dia mengaku tidak mengerti. Dosennya memberikan buku Perl for Bioinformatics, terbitan O'Really 2003 dan disuruh membuat skripsinya dari situ. Iseng-iseng saya coba jawab pertanyaannya via milis dan iseng-iseng juga saya mau curhat tentang bioinformatika disini.

Bioinformatika adalah teknik atau bidang ilmu untuk memecahkan masalah biologi menggunakan ilmu matematika, statistika, ilmu komputer artificial intelligence, kimia dan biokimia. Tapi realisasinya, bioinformatika lebih banyak matematika dan programmingnya. Namun, dasar ilmu biologinya harus kuat. Kalau tidak, sebaiknya jangan coba-coba. Waktu saya sidang skripsi tentang pensejajaran sekuen DNA, bukan programmingnya atau metodologinya yang ditanya-tanya oleh dosen penguji, tapi sisi biologinya yang dibantai. Alhasil, saya jadi keteteran. Jurusan Ilmu Komputer tapi biologinya suck. Mampus deh.

Dalam bioinformatika, penelitian kebanyakan dilakukan pada sequence alignment/pensejajaran sekuen, gene finding, genome assembly, protein structure alignment/pensejajaran protein, protein structure prediction, prediction of gene expression dan protein-protein interactions, dan modeling evolusi. Karena itu, jika seseorang ingin membuat skripsi, pilih salah satu diantara ini saja juga sudah kebanyakan. Misalkan mengambil topik pensejajaran sekuen saja. Kita harus pangkas lagi, membahas algoritma 2 pensejajaran sekuen saja atau multiple pensejajaran sekuen. Kalau tidak, makin melebar akan bikin kita kewalahan.

Menurut wikipedia, Bioinformatika itu bagian dari Bioteknologi, dan bioteknologi itu sendiri dipecah menjadi:

• Red biotechnology - diaplikasikan di proses medikal.
• Green biotechnology - diaplikasikan di ilmu agrikultural atau ilmu pertanian.
• White biotechnology - atau dikenal industrial biotechnology, biasanya diaplikasikan di industri pangan dan gizi.
• Blue biotechnology - diaplikasikan di ilmu kelautan. Tapi kajian ini masih rancu.
• Terakhir, Bioinformatika.

Nah, kajian Bioteknologi ini sudah ada pionirnya, Universitas Atma Jaya. Di kampus ini, kalau membutuhkan bahan-bahan topik bioteknologi, atau lebih spesifik lagi yaitu Bioinformatika, kita bisa mencarinya kesini. Waktu membuat skripsi, dosen saya selalu menyuruh ke Atma Jaya untuk cari bahan. Tapi berhubung males alias duit cekak, jadinya cari di internet saja.

Program Bioinformatika

Jika seseorang akan membuat skripsi tentang bioinformatika, dan dia jurusan ilmu komputer, sebenarnya tidak perlu repot-repot membuat program bioinformatika. Cukup cari di internet. Program bioinformatika yang udah jadi tuh banyak, tinggal donlot dan jalanin. Salah satunya BioPerl. Ada juga yang dikonversi ke BioPyton dan lain-lain. Tapi waktu saya bikin skripsi, 2003-2005 an, yang paling ngetop adalah BioPerl. Dan pakainya itu tidak perlu ngerti bahasa Perl. Karena kita tinggal running doang programmnya di Linux/Windows. Selain bioperl sih ada, tapi terpenggal-penggal alias ga lengkap. Kalau bioperl itu lengkap. Kita mau sekuen DNA, transkripsi RNA dan yang aneh2 itu ada. Tinggal kasih perintah apa, masukin gimana dan jalan deh...

Nah, enaknya pake Bioperl, kita jadi bisa gabungin sama web app buatan sendiri, kalau bisanya PHP, tinggal panggil module bioperl, jalan deh...

Tapi sayangnya, Bioperl tidak bisa nampilin hasil yang ciamik. Misalkan kalau kita mau bikin sekuen DNA, kita cuma bisa bikin 2 baris rantai ACGT tapi ga bisa bikin grafik. Karena itu kita harus modifikasi lagi dan memanfaatkan modul Perl GDI supaya bisa menampilkan grafik yang menarik.

Bioinformatika, Indonesia dan Kita

Bicara soal Bioinformatika di Indonesia, sebenernya saya sedih banget kalau Bioinformatika di Indonesia masih dipandang sebelah mata. Padahal, kalau banyak ahli di bidang ini, tidak mustahil dari Indonesia akan ada yang menemukan obat penyembuh AIDS.

Sebenernya, kalau ada yang mau nyemplung ke Bioinformatika, khususnya mahasiswa jurusan ilmu komputer, dia orang harus bener-bener pinter dengan matematika(selain biologi dan kimia). Masalah programming bisa dipelajari belakangan. Makanya, AFAIK, programer aplikasi bioinformatika itu jago banget matematikanya. Saya punya buku bioinformatika, ngembat dari punya dosen, itu lebih banyak ngebahas matematikanya daripada unsur programmingnya. Alhasil, tuh buku cuma nangkring di rak buku...

Karena itu, saya mau menyalahkan sekolah-sekolah yang terlalu membuat susah matematika yang akibatnya anak sekolah pada takut sama matematika. (salah satu korbannya adalah saya sendiri!) Coba kalau guru2 bisa bikin kita senang matematika, pasti ketika masuk ke ilmu komputer lalu kejenjang kajian yang lebih tinggi lagi: bioinformatika, pasti akan mudah menguasainya.

Begitu juga dengan perkuliahan jurusan ilmu komputer yang tidak memperkenalkan bioinformatika. Yang diutamain malah aplikasi bisnis atau ERP. Saya berani bertaruh, pasti di jurusan ilmu komputer manapun, Sistem Informasi Manajemen adalah mata kuliah wajib. Padahal perusahaan-perusahan konsultan IT yang jualan ERP di Indonesia sekarang banyak yang terjun bebas alias bangkrut.

Kesimpulan

Akhir kata, bagi anda yang akan mengerjakan skripsi tentang Bioinformatika, Selamat kecemplung di dunia bioinformatika, dunia yang masih dipandang sebelah mata di indonesia, tapi bisa kaya raya kalau anda nyemplung di dunia ini di negeri seberang. (soalnya dosen saya dah gonta-ganti mobil DAN keliling dunia jadi ahli di bidang ini, namanya Antonius Suwanto, jurusan biologi IPB).